Des bactéries comme bouclier contre les champignons

On en a toutes et tous fait l’expérience : à peine les carottes fraiches et croquantes ont-elles trouvé le chemin du réfrigérateur qu’elles présentent déjà des taches noires peu ragoutantes. Le responsable est la moisissure Thielaviopsis basicola, également appelée pourriture noire des racines. Ce champignon est répandu dans le monde entier et s’attaque à plus de 170 genres de végétaux comme les pois et les haricots, les pommes, les pêches, les courgettes, le coton ou le tabac. En Suisse, la pourriture des racines est surtout redoutée pour la carotte, principal légume de garde’. En effet, les dommages causés par cette moisissure sont visibles avec un certain retard, c’est-à-dire seulement lors du stockage intermédiaire, dans les rayons du magasin ou encore à la maison dans le réfrigérateur.

Les légumes et les fruits abimés par des microorganismes indésirables comptent parmi les victimes les plus fréquentes de gaspillage alimentaire : ce qui pourrit finit à la poubelle. Pour éviter cela, on traite les fruits et légumes avec des produits phytosanitaires de synthèse, des composés antimicrobiens ou des désinfectants chimiques. Cependant, cette protection chimique comporte de nombreux risques, y compris des effets indésirables sur la santé humaine et animale et sur l’environnement.

Une couche protectrice pour la carotte

C’est là qu’intervient le projet « PlantProtect » : des scientifiques et des agronomes de la BFH-HAFL travaillent avec Agroscope et l’Université de Fribourg sur une stratégie alternative de biocontrôle basée sur des bactéries lactiques et des microorganismes naturellement présents sur les carottes. L’objectif est de doter la carotte d’une « couche protectrice » bactérienne afin de faire un bouclier à la pourriture des racines. Pour trouver les souches bactériennes les plus efficaces, les chercheuses et chercheurs travaillent d’une part avec des données génomiques complètes, c.-à-d. en déterminant la séquence exacte des éléments constitutifs de l’ADN dans le génome bactérien. D’autre part, l’équipe effectue une sélection sur la base de propriétés particulières des bactéries, comme la capacité à synthétiser des métabolites ayant un effet antifongique.

Dans les premières études, les souches bactériennes de Leuconostoc mesenteroides, Lentilactobacillus parabuchneri et Serratia plymuthica, ont présenté un potentiel particulier, tant concernant l’inhibition de la pourriture noire des racines que l’allongement de la durée de conservation des légumes de garde. En étroite collaboration avec des producteurs et des transformateurs de légumes suisses, les bactéries prometteuses – seules ou en consortium – sont actuellement testées dans la pratique.

Ce texte est paru dans infoHAFL, édition 1/2023.